האנטיביוטיקה הורגת מגוון של מיקרואורגניזמים מבלי לעשות הבחנה בין החיידקים הפתוגניים לבין החיידקים הפרוביוטים. כתוצאה מכך נוצר חוסר איזון בין שתי הקבוצות - לטובת החיידקים הפתוגניים שלא הושמדו על ידי האנטיביוטיקה. זו הסיבה שבעת צריכת אנטיביוטיקה יתכנו תופעות לוואי כגון: גזים, שלשולים, עיוותות במעיים, וגם להתפתחות פטריות במערכת העיכול ובנרתיק.

צריכת פרוביוטיקה במהלך טיפול אנטביוטי אינה מאזנת את הפלורה כפי שנהוג לחשוב, זאת מאחר וחיידקים פרוביוטים אינם בעלי שרידות לאנטיביוטיקה, כפי שהוסבר לעיל. אך למרות זאת היא מקלה על תופעות הלוואי (שלשולים, גזים) הנגרמות עקב נטילת אנטיביוטיקה.

להקלה על תופעות הלוואי יש לצרוך פרוביוטיקה לפחות שעתיים אחרי צריכת האנטיביוטיקה*.

צריכת פרוביוטיקה מומלצת מיד לאחר סיום הטיפול האנטיביוטי על מנת לאזן את הפלורה הטבעית ולחזק את מערכת החיסון. בכך מונעת תופעות התחזקות של אוכלוסיות פתוגניים על הריריות בעיקר התפתחות של פטריות שאינן נפגעות מצריכת אנטיביוטיקה.
שבועיים - שלושה של צריכת פרוביוטיקה באופן אינטנסיבי יעשו את העבודה (מינון של 40-50 מ"ל ויטה ביוסה ביום).

אנשים שצורכים אנטיביוטיקה באופן ממושך ועקבי מומלץ לצרוך פרוביוטיקה על בסיס יומי, כשעתיים לאחר צריכת האנטיביוטיקה. בכך למנוע התחזקות של אוכלוסיות מיקרואורגניזמים עמידים לאנטיביוטיקה.

*טיפ זה נכון גם לאנשים שצורכים חומרים אנטי בקטריאליים טבעיים אשר פוגעים במגוון רחב בקטריות, כגון שמן אורגנו, טינקטורות ותמציות זרעי אשכוליות.